A világ legjobb zenekarait vezényelte a tragikusan fiatalon, mindössze 43 évesen elhunyt, világhírű karmester.
Az USÁ-ban Cleveland, Chicago, Philadelphia, New York, Los Angeles, Pittsburgh, Detroit, San Francisco és Minnesota zenekarai élére hívták, és dirigálta a London Szimfonikusokat, a Bécsi FIlharmonikusokat, a Berlini Filharmonikusokat, a Royal Concertgebouw Zenekart, az Izraeli Filharmonikusokat, és az L’Orchestre de la Suisse Romande-t is. Repertoárján 450 darab szerepelt a zenetörténet különböző korszakaiból, köztük 60 opera Mozarttól, Verdin, Puccinin és Wagneren át a kortárs Prokofjev, Bartók, Britten, Kodály, Poulenc és Janáček remekműveiig.
„Amikor hatéves voltam, és elkezdtem zenei tanulmányaimat, 1935-öt írtunk, és kegyetlen dolgok kezdtek történni Európában… A zenébe menekültem, gyakoroltam zongorán, hegedűn, és kis darabokat is írtam.”
– emlékezett vissza a High Fidelity számára 1969 decemberében adott interjújában.
A második világháború idején, a zsidóüldözések miatt a család bujkálni kényszerült. A Kertész rokonság nagyobb részét elhurcolták Auschwitzbe 1943-ban, és a holokausztot nem is élték túl. A kétgyermekes család azonban édesanyjuk kitartásának következtében átvészelte a nehéz háborús időket, megmenekültek a deportálástól, túlélték az éhezést, a német és az orosz megszállást. A háború után Kertész István folytathatta hegedű tanulmányait, és zeneszerzői tanulmányokba is kezdett. A középiskolát 1947-ben fejezte be a Kölcsey Gimnáziumban, ahol kitüntetéssel érettségizett.
Érettségi után, 1947 őszén, felvették a Zeneakadémiára, ahol hegedűt, zongorát és zeneszerzést tanult Kodály Zoltánnál, Weiner Leónál és Kókai Rezsőnél. Közben érdekelni kezdte a vezénylés is, ezért Ferencsik János és Somogyi László tanítványa is lett. A Zeneakadémián ismerte meg feleségét, Gabry Editet, aki az ének tanszakon tanult (szoprán). Kertész zenei fejlődésére leginkább Somogyi László, Bruno Walter és Otto Klemperer hatott, utóbbi ebben az időben, 1947-től 1950-ig a Magyar Állami Operaház karmestere volt.
1953-1955-ig a Győri Szimfonikus Zenekar karmestere, 1955-től a budapesti Operaház korrepetitor-karmestere. 1958-tól 1963-ig az Augsburgi Opera, 1964-től a Kölni Opera főzeneigazgatója, rendszeresen vezényli a Bécsi Filharmonikusokat, illetve a London Symphony Orchestra-t, amelynek 1965. és 1968. között vezető karmestere. Első amerikai turnéjára 196l-ben, a Hamburgi Rádió zenekarával utazik. Számos nagysikerű lemezfelvételt készít a Decca cégnél, egyik leghíresebb sorozata Dvořák összes szimfóniája a Bécsi Filharmonikusokkal. Az ő vezényletével rögzítik a világon először lemezre Mozart utolsó operáját, a Titus kegyelmét, s Magyarországon kívül először a Kékszakállút és a Háry Jánost.
Ez az üstökösként felragyogó, nagyszerű muzsikuspálya 1973. április 16-án, váratlanul félbeszakadt: Kertész István egy izraeli turnén, amelynek során Mozart Requiemjét dirigálta, Tel-Aviv közelében, kollégái szeme láttára a tengerbe fulladt.